Theo ý tưởng ban đầu, hồ sơ Yên Tử được lập theo hướng hỗn hợp văn hóa (tiêu chí 2, 3, 5, 6) và thiên nhiên (tiêu chí 7). Tuy nhiên, đến thời điểm tháng 3/2016 thì hồ sơ này đã loại bỏ các tiêu chí không đạt, trong đó có tiêu chí thiên nhiên.[8] Yên Tử có 2 giá trị quan trọng nhất theo tiêu chí số 5 và tiêu chí số 6 của UNESCO, tức nếu được công nhận thì quần thể di tích danh thắng Yên Tử sẽ là di sản văn hóa thế giới.[9]

 Tiêu chí (ii): Thể hiện sự giao thoa quan trọng của các giá trị nhân văn, qua một thời kỳ hay bên trong một khu vực văn hoá của thế giới, về những phát triển trong kiến trúc, hoặc công nghệ, nghệ thuật xây dựng đền tháp, quy hoạch thành phố hay thiết kế cảnh quan.

Những di tích trên mặt đất và khai quật được trong lòng đất tại Quần thể Di tích và danh thắng Yên Tử là minh chứng đặc sắc về quá trình giao lưu văn hóa lâu dài, là nơi tiếp nhận nhiều ảnh hưởng văn hóa từ bên ngoài, nhiều học thuyết, tư tưởng có giá trị toàn cầu của văn minh nhân loại, đặc biệt Phật giáo, thuyết phong thủy. Kết quả giao thoa, tiếp biến văn hóa đó được biểu đạt trong tạo dựng cảnh quan, quy hoạch, trong nghệ thuật kiến trúc và nghệ thuật trang trí với diễn biến văn hóa đa dạng qua các thời kỳ lịch sử.

Tiêu chí (iii): Chứa đựng một minh chứng duy nhất hoặc ít nhất cũng hết sức khác biệt về một truyền thống văn hoá hay một nền văn minh hiện vẫn đang tồn tại hoặc đã diệt vong.

Hệ thống di tích trong khu Di sản dày đặc, bao gồm hàng chục ngôi chùa, hàng trăm am tháp, hàng ngàn di vật cổ quý hiếm, đặc biệt là những bản kinh văn và các bản sách quý hiếm, chứa đựng những giá trị tinh thần, tư tưởng của Thiền phái Trúc Lâm và nền văn hóa huy hoàng, rực rỡ thời Đại Việt giữa một vùng đồi núi chập trùng. Những giá trị tinh thần, tư tưởng của Thiền phái Trúc Lâm và nền văn hóa rực rỡ đó luôn đồng hành cùng sự phát triển của lịch sử dân tộc Việt Nam, được các thế hệ nối tiếp kế thừa ngày một phát triển và đang được các thế hệ thiền sư sau này truyền bá đến nhiều quốc gia trên thế giới. Đặc biệt cuốn mộc bản “Thiền tông bản hạnh” hiện còn được lưu giữ tại chùa Vĩnh Nghiêm (Bắc Giang) được Hội thảo bảo tồn di sản chữ Nôm (theo Vietnamese Nôm Preservation Foundation, USA) lấy làm mẫu cho font chữ Nôm trên mã Unicode (ký hiệu NomNaTongLight.ttf) và được cài đặt vào máy tính trên toàn thế giới. Điểm khác biệt nữa của mộc bản chùa Vĩnh Nghiêm là dùng cả chữ Hán và chữ Nôm, trong khi mộc bản của Hàn Quốc, Nhật Bản, Trung Quốc chỉ dùng chữ Hán…

Tiêu chí (v): Là một ví dụ nổi bật về một hình thức cư trú truyền thống của con người, việc sử dụng đất đai, hay khai thác biển cả, đại diện cho một (hay nhiều) nền văn hoá, hoặc sự tương tác giữa con người và môi trường đặc biệt là khi nó đã trở nên dễ tổn thương do ảnh hưởng của những đổi thay không thể đảo ngược.

Quần thể Di tích và danh thắng Yên Tử là minh chứng đặc sắc về  sự tương tác giữa con người và môi trường cảnh quan thiên nhiên, truyền thống cư trú liên tục của con người, thể hiện qua việc những tín đồ đạo Phật từ hàng nghìn năm trước tới ngày nay, đã sử dụng vùng cảnh quan thiên nhiên Danh sơn Yên Tử linh thiêng, huyền bí để xây dựng và hình thành nên một “Trung tâm phật giáo” với sự hiện diện của một quần thể các công trình kiến trúc đồ sộ được đặt trong một tổng thể cảnh quan hùng vĩ, thơ mộng.

Tiêu chí (vi): Có liên hệ trực tiếp hoặc có thể nhận thấy được với những sự kiện hay các truyền thống sinh hoạt, với các ý tưởng, hay các tín ngưỡng, với các công trình nghệ thuật hay văn học có ý nghĩa nổi bật toàn cầu.

Với sự ra đời của Thiền phái Trúc Lâm, một thiền phái thuần Việt. Thiền phái Trúc Lâm là Phật giáo hướng nội, Phật giáo nhập thế, khai phóng, vị tha. Thiền phái Trúc Lâm chủ trương gắn đạo với đời, gắn xu thế nhập thế của Thiền với việc giữ gìn làng nước của cả dân tộc, nó mang đậm bản sắc dân tộc, tinh thần yêu nước chân chính, tinh thần nhập thể tích cực, kết hợp chặt chẽ Đạo với Đời, Đời với Đạo. Giáo lý của Thiền phái Trúc Lâm được kết tinh bởi nhiều yếu tố và kế thừa, phát huy. Trên cơ sở kế thừa, Trần Nhân Tông đã tập hợp lại thành các kinh văn, các bản sách rất quí giá như: Thiền tâm thiết chủy ngữ lục, Đại Hương Hải ấn thi tập, Tăng già toái sự, Thạch thất mỹ Ngữ, Truyền Đăng Lục, Thượng sĩ hành trạng... Đây là những cuốn sách dạy cho các tăng môn và dân chúng của Thiền phái Trúc Lâm tu tập, sám hối và tu hành thập thiện. Bên cạnh đó còn có các tác phẩm trong mộc bản của Thiền phái Trúc Lâm - sách Thiền tông bản hạnh như: Cư trần lạc đạo phú (ở trần thế vui với đạo) viết theo thể phú, Đắc thú lâm tuyền thành đạo ca (bài ca về được thú vui rừng suối mà thành đạo của Trần Nhân Tông), Vịnh Hoa Yên tự phú (vịnh cảnh chùa Hoa Yên) của Thiền sư Huyền Quang…Đây là những tác phẩm văn học thiền tông có giá trị và có ảnh hưởng tích cực đến đời sống xã hội và được nhiều nhà nghiên cứu văn học trong và ngoài nước quan tâm tìm hiểu. Mộc bản của Thiền phái Trúc Lâm được khắc bằng chữ Hán và chữ Nôm với nhiều kiểu chữ khác nhau như: chân thư, thảo thư, lệ thư, hành thư…chữ khắc công phu, đẹp là những tác phẩm thư pháp nghệ thuật tuyệt mỹ. Nhiều trang mộc bản được khắc đan xen thêm những bức họa đồ minh họa, đường nét tài hoa tinh tế, bố cục chặt chẽ hài hòa xứng đáng là tác phẩm đồ họa thẩm mỹ cao.